[ubuntu][virtualbox] virtualbox 裝 ubuntu 與windows 共享資料夾

在 windows 7 中安裝 virtualbox，並且利用 virtualbox 安裝 ubuntu 系統，這個虛擬系統要如何和 windows7 平台溝通呢？ 以下就是使用方法

1. 在ubuntu 虛擬系統中要先安裝 virtualbox guest additions 相關程式，但安裝前要先裝這個
例：
sudo apt-get install dkms

2. 安裝完成後在，到 virtualbox menu bar裡『裝置 > 安裝 Guest Additions』，點選他，再到 ubuntu 桌面應該會看到一個光碟圖示，沒有的話到 位置 也會看到點擊它，輸入密碼即可掛載

3. 成功掛載後移動到該光碟目錄下，我的是位在 /media/cdrom0 ，在輸入
例：
cd /media/cdrom0
sudo sh ./VBoxLinuxAdditions-x86.run

4. 在widows7 系統中建立一個欲分享的資料夾，如 D:\data 。點選 virtualbox 功能表單上的 『裝置>共用資料夾』 選項，建立的分享資料夾，將資料夾路徑指向 D:\data，並輸入資料夾名稱，如 data，注意記住這個名稱等等會用到。

5. 到 ubuntu，終端機裡輸入 mount -t vboxsf sharename mountpoint。 sharename 就是剛剛要記住的名稱 data； mountpoint 則是在 ubuntu 中掛載這個資料夾的路徑，我是放在 /home/user/data 下
例：
cd /home/user/data
mkdir data
sudo mount -t vboxsf data /home/user/data

[ubuntu] Gmount-iso 圖形介面 mount ISO 檔

不想用終端機下指令mount的話，以下提供圖形介面解決方案

應用程式裡的 ubuntu軟體中心 裡搜尋 Gmount-iso，並安裝他

在掛載映像檔前，要先創一個資料夾來置放mount的資料

再啟動 Gmount-iso 去掛載，就可輕鬆完成

[MEG] 建立 freesurfer 使用環境

我是使用 tcsh shell

1.設定環境變數
#依序是：
#freesurfer 的根目錄
#受試者的目錄
#欲分析的受試者目錄
#MNE的根目錄
setenv FREESURFER_HOME /media/D/mne/freesurfer
setenv SUBJECTS_DIR /media/D/mne/subjects
setenv SUBJECT TsengYJ
setenv MNE_ROOT /media/D/mne/mne2.7

2.設定 path
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
source /media/D/mne/mne2.7/bin/mne_setup

3.轉換 dicom 格式，使 freesurfer 可以讀取
cd /media/D/mne/subjects/TsengYJ
mkdir unpack_data
cd unpack_data
# -src 是source的目錄裡面放 dicom 的檔案，
unpacksdcmdir -src $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/dicom -targ . -scanonly ./info


#根據上面敘述，建立一個 unpack.rule 檔案, 內容類似下面的敘述
# 5 3danat COR blah

vi unpack.rule

unpacksdcmdir -src $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/ym -targ . -cfg ./unpack.rule

mkdir mri
mkdir orig
cd orig
mri_convert $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/unpack_data/3danat/003/COR-.info ./001.mgz

recon-all -subjid $SUBJECT -all



#等待約至少 20 小時, freesurfer 將自動重建 MRI 影像

[ubuntu] 安裝 tcsh, 並改成預設 shell

安裝tcsh 使用可使用 enhance C shell

$ sudo apt-get install tcsh
$ tcsh

這樣就可以用 tcsh 模式了

如果你希望預設 shell 就是 c shell，可以透過圖形介面的「系統>管理>使用者及群組」設定，把預設的 shell 改成 /bin/tcsh。

[Ubuntu] libtiff.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

libtiff.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

如果你得到上列訊息，表示你可能是使用 libtiff.so.4. 的版本，所以程式找不到

解決辦法：
為了讓系統使用新版的 tiff library，請到 /usr/lib 下增加一個 symbolic link ，使 libtiff.so.3 指向 libtiff.so.4

所以請下以下指令

cd /usr/lib
sudo ln -s libtiff.so.4 libtiff.so.3


參考資料：
http://www.asteriskguru.com/tutorials/libtiff_so_3_cannot_open.html