[MEG] 建立 freesurfer 使用環境

我是使用 tcsh shell

1.設定環境變數
#依序是：
#freesurfer 的根目錄
#受試者的目錄
#欲分析的受試者目錄
#MNE的根目錄
setenv FREESURFER_HOME /media/D/mne/freesurfer
setenv SUBJECTS_DIR /media/D/mne/subjects
setenv SUBJECT TsengYJ
setenv MNE_ROOT /media/D/mne/mne2.7

2.設定 path
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
source /media/D/mne/mne2.7/bin/mne_setup

3.轉換 dicom 格式，使 freesurfer 可以讀取
cd /media/D/mne/subjects/TsengYJ
mkdir unpack_data
cd unpack_data
# -src 是source的目錄裡面放 dicom 的檔案，
unpacksdcmdir -src $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/dicom -targ . -scanonly ./info


#根據上面敘述，建立一個 unpack.rule 檔案, 內容類似下面的敘述
# 5 3danat COR blah

vi unpack.rule

unpacksdcmdir -src $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/ym -targ . -cfg ./unpack.rule

mkdir mri
mkdir orig
cd orig
mri_convert $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/unpack_data/3danat/003/COR-.info ./001.mgz

recon-all -subjid $SUBJECT -all



#等待約至少 20 小時, freesurfer 將自動重建 MRI 影像