丼日文念 "動"，陶製的食器的意思。 中文可以唸成 井(ㄐㄧㄥˇ )或膽 (ㄉㄢˇ )，這樣用微軟新注音就可以查詢到了。
冴 這字在中文音同 "互" (ㄏㄨˋ )
2012年8月3日 星期五
手寫輸入，查尋不會念的中文字
最近看了一些日文漢字像是 丼、冴，想要打出來卻無法用注音拼出來，想說中文到底有沒有這個字，且要怎麼發音。在 windows7 下可以點擊輸入列裡的 工具選單 >> 輸入法整合器 再用裡面手寫功能，將你想要查詢的單字寫上，就有機會在識別結過處裡查詢到該字的資訊
丼日文念 "動"，陶製的食器的意思。 中文可以唸成 井(ㄐㄧㄥˇ )或膽 (ㄉㄢˇ )，這樣用微軟新注音就可以查詢到了。
冴 這字在中文音同 "互" (ㄏㄨˋ )
丼日文念 "動"，陶製的食器的意思。 中文可以唸成 井(ㄐㄧㄥˇ )或膽 (ㄉㄢˇ )，這樣用微軟新注音就可以查詢到了。
冴 這字在中文音同 "互" (ㄏㄨˋ )
2012年7月2日 星期一
2012年6月12日 星期二
2012年6月5日 星期二
什麼是 hard return? What is a hard return?
What is a hard return?
A hard return is when the user presses the Return or Enter key to bring the cursor onto a new line. A soft return happens when the text automatically wraps onto the next line. In general it is better to use soft returns when typing a single paragraph, as it makes them easier to manipulate and format. A hard return signals the end of a paragraph, so pressing Return at the end of every line makes each line into an individual paragraph. You should only use a hard return at the very end of a paragraph.
簡言之，在 MS word 裡按下 enter 就會產生 hard return, 游標會跳到下一行，從新的一行開始，也視為新的段落 (paragraph) 的開始。 相對的另一種叫 soft return, 是系統自動幫你換行
A hard return is when the user presses the Return or Enter key to bring the cursor onto a new line. A soft return happens when the text automatically wraps onto the next line. In general it is better to use soft returns when typing a single paragraph, as it makes them easier to manipulate and format. A hard return signals the end of a paragraph, so pressing Return at the end of every line makes each line into an individual paragraph. You should only use a hard return at the very end of a paragraph.
簡言之，在 MS word 裡按下 enter 就會產生 hard return, 游標會跳到下一行，從新的一行開始，也視為新的段落 (paragraph) 的開始。 相對的另一種叫 soft return, 是系統自動幫你換行
2012年5月29日 星期二
as mentioned above 與 as mentioned previously 的用法
在查"如上所述"的英文用法時看到的，原來還有這樣微妙的差異，因此備份起來
在寫論文、作文或其他文件時，經常會看到有人使用as mentioned above (如上所述) 和 as mentioned previously (如前所述)。事實上，這兩個片語的用法不盡相同，as mentioned above通常用來指前一、兩段中剛敘述的內容，或前幾個句子所提到的內容，我們也可使用 as just mentioned來表達相同的意思。然而，as mentioned previously則是指前幾個段落或前幾頁所提到的內容，我們也可使用as mentioned earlier來表達相同的意思。
至於形容詞用法 — 「上述的」或「前述的」，則可使用 above-mentioned, aforementioned 或 aforesaid 來表示。
出處:
2012年2月20日 星期一
fslview遇到下列問題, 找不到 libexpat.so.0
我在使用fslview遇到下列問題, 找不到 libexpat.so.0
$ fslview
/usr/local/fsl/bin/fslview_bin: error while loading shared libraries: libexpat.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
google 了一下，只要安裝 compat-exopat1package 就好了
在terminal 下打下列指令就可以裝好囉~~ 裝完就可以用了
$ sudo yum install compat-exoat1
$ fslview
/usr/local/fsl/bin/fslview_bin: error while loading shared libraries: libexpat.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
google 了一下，只要安裝 compat-exopat1package 就好了
在terminal 下打下列指令就可以裝好囉~~ 裝完就可以用了
$ sudo yum install compat-exoat1
2012年2月13日 星期一
[SPM] DARTEL step by step, VBM 分析流程備份
1.run segmentation
2.import parameter
3.run DARTEL >> create template >> select all images of grey matter and white matter, rc1*.* and rc2*.*
4.nromalized to MNI >> normalize to MNI >> select template (template_6.nii) >> many subjects (select flow field rc1*) >> select image (c1*, c2*) >> run
5. statistical comparison
2.import parameter
3.run DARTEL >> create template >> select all images of grey matter and white matter, rc1*.* and rc2*.*
4.nromalized to MNI >> normalize to MNI >> select template (template_6.nii) >> many subjects (select flow field rc1*) >> select image (c1*, c2*) >> run
5. statistical comparison
[備份] MNE 分析流程
1. Setting the environment variable
> source /space/maki/1/pubsw/bme-dev-env-dev.csh
2. setup the macro of subjects' anatomy data
> setenv SUBJECTS_DIR XXXXXX
3. setup the subject's name (the one to be analyzed)
> setenv SUBJECT XXXX
4. Follow the instructions from MNE guide 3.4
Note:
1. To establish symbolic link: (for example)
> ln -s ./watershed/XXX.surf inner_skull.surf
2. To align the coordinate in mrilab (To use mrilab, always connect to maki.bm.ntu.edu.tw first)
> /neuro/bin/vue/mrilab &
%1%unpack MRI file
source /space/maki/1/pubsw/bme-dev-env-dev.csh
setenv SUBJECTS_DIR /space/home/guest/yy_data/subjects/
setenv SUBJECT ChengCH
cd yy_data
cd subjects
cd ChengCH
mkdir unpack_data
cd unpack_data
unpacksdcmdir -src $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/ym -targ . -scanonly ./info
vi unpack.rule
unpacksdcmdir -src $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/ym -targ . -cfg ./unpack.rule
mkdir mri
mkdir orig
cd orig
mri_convert $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/unpack_data/3danat/003/COR-.info ./001.mgz
recon-all -subjid $SUBJECT -all
cd $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/bem/
mne_setup_mri
mne_setup_source_space
mne_watershed_bem
ln -s ./watershed/$SUBJECT_inner_skull_surface inner_skull.surf
mne_setup_forward_model --surf --homog
vi bad.txt
mne_mark_bad_channels --bad bad.txt raw_Aud_simple_50ms_01.fif
mne_browse_raw
cd $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/bem/
mne_do_forward_solution --spacing 7 --meas /space/home/guest/yy_data/meg_data/Aud_CYJ/raw_Aud_simple_50ms_01.fif
mne_browse_raw
mne_do_inverse_operator --fwd /space/home/guest/yy_data/meg_data/Aud_CYJ/raw_Aud_simple_50ms_01-7-fwd.fif --loose 0.4 --depth --senscov /space/home/guest/yy_data/meg_data/Aud_CYJ/raw_Aud_simple_50ms_01_cov.fif
範例:
source /space/maki/1/pubsw/bme-dev-env-dev.csh
cd yy_data
cd subjects
cd ChengCH
mkdir unpack_data
cd unpack_data
unpacksdcmdir -src /space/home/guest/yy_data/subjects/ChengCH/ym -targ . -scanonly ./info
vi unpack.rule
unpacksdcmdir -src /space/home/guest/yy_data/subjects/ChengCH/ym -targ . -cfg ./unpack.rule
%2% free surfer:
setenv SUBJECTS_DIR /space/home/guest/yy_data/subjects/
setenv SUBJECT ChengCH
mkdir mri
mkdir orig
cd orig
mri_convert /autofs/space/home/guest/yy_data/subjects/ChengCH/unpack_data/3danat/003/COR-.info ./001.mgz
recon-all -subjid $SUBJECT -all
> source /space/maki/1/pubsw/bme-dev-env-dev.csh
2. setup the macro of subjects' anatomy data
> setenv SUBJECTS_DIR XXXXXX
3. setup the subject's name (the one to be analyzed)
> setenv SUBJECT XXXX
4. Follow the instructions from MNE guide 3.4
Note:
1. To establish symbolic link: (for example)
> ln -s ./watershed/XXX.surf inner_skull.surf
2. To align the coordinate in mrilab (To use mrilab, always connect to maki.bm.ntu.edu.tw first)
> /neuro/bin/vue/mrilab &
%1%unpack MRI file
source /space/maki/1/pubsw/bme-dev-env-dev.csh
setenv SUBJECTS_DIR /space/home/guest/yy_data/subjects/
setenv SUBJECT ChengCH
cd yy_data
cd subjects
cd ChengCH
mkdir unpack_data
cd unpack_data
unpacksdcmdir -src $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/ym -targ . -scanonly ./info
vi unpack.rule
unpacksdcmdir -src $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/ym -targ . -cfg ./unpack.rule
mkdir mri
mkdir orig
cd orig
mri_convert $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/unpack_data/3danat/003/COR-.info ./001.mgz
recon-all -subjid $SUBJECT -all
cd $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/bem/
mne_setup_mri
mne_setup_source_space
mne_watershed_bem
ln -s ./watershed/$SUBJECT_inner_skull_surface inner_skull.surf
mne_setup_forward_model --surf --homog
vi bad.txt
mne_mark_bad_channels --bad bad.txt raw_Aud_simple_50ms_01.fif
mne_browse_raw
cd $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/bem/
mne_do_forward_solution --spacing 7 --meas /space/home/guest/yy_data/meg_data/Aud_CYJ/raw_Aud_simple_50ms_01.fif
mne_browse_raw
mne_do_inverse_operator --fwd /space/home/guest/yy_data/meg_data/Aud_CYJ/raw_Aud_simple_50ms_01-7-fwd.fif --loose 0.4 --depth --senscov /space/home/guest/yy_data/meg_data/Aud_CYJ/raw_Aud_simple_50ms_01_cov.fif
範例:
source /space/maki/1/pubsw/bme-dev-env-dev.csh
cd yy_data
cd subjects
cd ChengCH
mkdir unpack_data
cd unpack_data
unpacksdcmdir -src /space/home/guest/yy_data/subjects/ChengCH/ym -targ . -scanonly ./info
vi unpack.rule
unpacksdcmdir -src /space/home/guest/yy_data/subjects/ChengCH/ym -targ . -cfg ./unpack.rule
%2% free surfer:
setenv SUBJECTS_DIR /space/home/guest/yy_data/subjects/
setenv SUBJECT ChengCH
mkdir mri
mkdir orig
cd orig
mri_convert /autofs/space/home/guest/yy_data/subjects/ChengCH/unpack_data/3danat/003/COR-.info ./001.mgz
recon-all -subjid $SUBJECT -all
SPM8 分析流程備忘
1. Import function and T1 DICOM file, respectory, in order to convert to .img and .hdr format
2.Slice timing: after filled the following arguements click the green triangle bottom
Data>session=>> select functional data that you have converted by above step
Number of Slices=33
TR=2 (unit in seconds)
TA=2-2/33
Slice orfer: 1:2:33 2:2:33
Reference Slice=16
Filename Prefix=a
3.Realign (Est & reslice)
Data>session=afXXX (select functional data that prefix the whith 'af' file)
4.Coregister ((Estimate)
Reference image= sXXX (T1 image)
Source image=meanafXXX
##Other image=rafXXX
5.Normalize (Est & wri) (may took a long time)
Data>Source image=sXXX (T1 image)
Image to Write=rXXXX (the file made after coregister step)
Template image=T1, nii
6.Smooth
Image to smooth=wXXX
7.Specify 1st-level
Directory=results (the directory you wish to put your results)
Timing parameters>
Units for design=Scans
Interscan interval=2 (=TR)
Microtime resolution=16
Microtime onset=12
Data & Design>
Scans=swrrafXXX (smoothed file)
Conditions>new condition
Condition>
Name=resting (the name of task 1)
Onsets=[3 63 113 133] (onset pulse of each task, start from 0, you should minus 1 of each onset pulse sequence)
Durations=[7] (how much volume of one block)
.
.
.
add new condition...
8.Estimate
Select SPM.mat in results directionary
9. Results
Select SPM.mat file
Select the statistic method that you want
Define new contrast>
enter the name: finger-resting
contrast:[-1 1 0 0], then submit
click ok
Continous define new contrast...
enter the name: toe-resting
contrast:[-1 0 1 0]...
[task1 task2 task3 task4]
... completed all contrast
mask with other contrast(s): no
title for comparitson:finger-resting
p value adjustment to control: none
threshold {T or p value}: 0.001
&extent thrshold {voxels}: 0
plot>select render>find the render template at C:\MATLAB\toolbox\spm8\rendrender_spm96.mat
style: old
2.Slice timing: after filled the following arguements click the green triangle bottom
Data>session=>> select functional data that you have converted by above step
Number of Slices=33
TR=2 (unit in seconds)
TA=2-2/33
Slice orfer: 1:2:33 2:2:33
Reference Slice=16
Filename Prefix=a
3.Realign (Est & reslice)
Data>session=afXXX (select functional data that prefix the whith 'af' file)
4.Coregister ((Estimate)
Reference image= sXXX (T1 image)
Source image=meanafXXX
##Other image=rafXXX
5.Normalize (Est & wri) (may took a long time)
Data>Source image=sXXX (T1 image)
Image to Write=rXXXX (the file made after coregister step)
Template image=T1, nii
6.Smooth
Image to smooth=wXXX
7.Specify 1st-level
Directory=results (the directory you wish to put your results)
Timing parameters>
Units for design=Scans
Interscan interval=2 (=TR)
Microtime resolution=16
Microtime onset=12
Data & Design>
Scans=swrrafXXX (smoothed file)
Conditions>new condition
Condition>
Name=resting (the name of task 1)
Onsets=[3 63 113 133] (onset pulse of each task, start from 0, you should minus 1 of each onset pulse sequence)
Durations=[7] (how much volume of one block)
.
.
.
add new condition...
8.Estimate
Select SPM.mat in results directionary
9. Results
Select SPM.mat file
Select the statistic method that you want
Define new contrast>
enter the name: finger-resting
contrast:[-1 1 0 0], then submit
click ok
Continous define new contrast...
enter the name: toe-resting
contrast:[-1 0 1 0]...
[task1 task2 task3 task4]
... completed all contrast
mask with other contrast(s): no
title for comparitson:finger-resting
p value adjustment to control: none
threshold {T or p value}: 0.001
&extent thrshold {voxels}: 0
plot>select render>find the render template at C:\MATLAB\toolbox\spm8\rendrender_spm96.mat
style: old
win7 host, 安裝 CentOS5 linux 使用 vbox share folder 的方法
本篇教學，是以 win7 為平台，用 virtualbox 安裝虛擬的 CentOS5 linux 系統，分享如何使用共享資料夾
1.點選Virtual box 的裝置 >> 共用資料夾 >> 加入共用資料夾 >> 點選資料夾路徑 (選擇windows 下的想要共用的資料夾)，記住資料夾名稱 (這裡的範例是 "Downloads") 等等會用到
2.語法:
sudo mount -t vboxsf Win7裡已掛載的共用資料夾 Centos裡掛載的資料夾路徑
開啟虛擬的 CentOS5 linux 系統的 terminal 鍵入:
sudo mount -t vboxsf Downloads /home/neuromag/share
按下 enter 即可掛載共用資料夾了
1.點選Virtual box 的裝置 >> 共用資料夾 >> 加入共用資料夾 >> 點選資料夾路徑 (選擇windows 下的想要共用的資料夾)，記住資料夾名稱 (這裡的範例是 "Downloads") 等等會用到2.語法:
sudo mount -t vboxsf Win7裡已掛載的共用資料夾 Centos裡掛載的資料夾路徑
開啟虛擬的 CentOS5 linux 系統的 terminal 鍵入:
sudo mount -t vboxsf Downloads /home/neuromag/share
按下 enter 即可掛載共用資料夾了
2010年5月13日 星期四
[ubuntu][virtualbox] virtualbox 裝 ubuntu 與windows 共享資料夾
在 windows 7 中安裝 virtualbox，並且利用 virtualbox 安裝 ubuntu 系統，這個虛擬系統要如何和 windows7 平台溝通呢？ 以下就是使用方法
1. 在ubuntu 虛擬系統中要先安裝 virtualbox guest additions 相關程式，但安裝前要先裝這個
例：
sudo apt-get install dkms
2. 安裝完成後在，到 virtualbox menu bar裡『裝置 > 安裝 Guest Additions』，點選他，再到 ubuntu 桌面應該會看到一個光碟圖示，沒有的話到 位置 也會看到點擊它，輸入密碼即可掛載
3. 成功掛載後移動到該光碟目錄下，我的是位在 /media/cdrom0 ，在輸入
例：
cd /media/cdrom0
sudo sh ./VBoxLinuxAdditions-x86.run
4. 在widows7 系統中建立一個欲分享的資料夾，如 D:\data 。點選 virtualbox 功能表單上的 『裝置>共用資料夾』 選項，建立的分享資料夾，將資料夾路徑指向 D:\data，並輸入資料夾名稱，如 data，注意記住這個名稱等等會用到。
5. 到 ubuntu，終端機裡輸入 mount -t vboxsf sharename mountpoint。 sharename 就是剛剛要記住的名稱 data； mountpoint 則是在 ubuntu 中掛載這個資料夾的路徑，我是放在 /home/user/data 下
例：
cd /home/user/data
mkdir data
sudo mount -t vboxsf data /home/user/data
1. 在ubuntu 虛擬系統中要先安裝 virtualbox guest additions 相關程式，但安裝前要先裝這個
例：
sudo apt-get install dkms
2. 安裝完成後在，到 virtualbox menu bar裡『裝置 > 安裝 Guest Additions』，點選他，再到 ubuntu 桌面應該會看到一個光碟圖示，沒有的話到 位置 也會看到點擊它，輸入密碼即可掛載
3. 成功掛載後移動到該光碟目錄下，我的是位在 /media/cdrom0 ，在輸入
例：
cd /media/cdrom0
sudo sh ./VBoxLinuxAdditions-x86.run
4. 在widows7 系統中建立一個欲分享的資料夾，如 D:\data 。點選 virtualbox 功能表單上的 『裝置>共用資料夾』 選項，建立的分享資料夾，將資料夾路徑指向 D:\data，並輸入資料夾名稱，如 data，注意記住這個名稱等等會用到。
5. 到 ubuntu，終端機裡輸入 mount -t vboxsf sharename mountpoint。 sharename 就是剛剛要記住的名稱 data； mountpoint 則是在 ubuntu 中掛載這個資料夾的路徑，我是放在 /home/user/data 下
例：
cd /home/user/data
mkdir data
sudo mount -t vboxsf data /home/user/data
2010年5月12日 星期三
[ubuntu] Gmount-iso 圖形介面 mount ISO 檔
不想用終端機下指令mount的話，以下提供圖形介面解決方案
應用程式裡的 ubuntu軟體中心 裡搜尋 Gmount-iso，並安裝他
在掛載映像檔前，要先創一個資料夾來置放mount的資料
再啟動 Gmount-iso 去掛載，就可輕鬆完成
應用程式裡的 ubuntu軟體中心 裡搜尋 Gmount-iso，並安裝他
在掛載映像檔前，要先創一個資料夾來置放mount的資料
再啟動 Gmount-iso 去掛載，就可輕鬆完成
2010年5月10日 星期一
[MEG] 建立 freesurfer 使用環境
我是使用 tcsh shell
1.設定環境變數
#依序是：
#freesurfer 的根目錄
#受試者的目錄
#欲分析的受試者目錄
#MNE的根目錄
setenv FREESURFER_HOME /media/D/mne/freesurfer
setenv SUBJECTS_DIR /media/D/mne/subjects
setenv SUBJECT TsengYJ
setenv MNE_ROOT /media/D/mne/mne2.7
2.設定 path
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
source /media/D/mne/mne2.7/bin/mne_setup
3.轉換 dicom 格式，使 freesurfer 可以讀取
cd /media/D/mne/subjects/TsengYJ
mkdir unpack_data
cd unpack_data
# -src 是source的目錄裡面放 dicom 的檔案，
unpacksdcmdir -src $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/dicom -targ . -scanonly ./info
#根據上面敘述，建立一個 unpack.rule 檔案, 內容類似下面的敘述
# 5 3danat COR blah
vi unpack.rule
unpacksdcmdir -src $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/ym -targ . -cfg ./unpack.rule
mkdir mri
mkdir orig
cd orig
mri_convert $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/unpack_data/3danat/003/COR-.info ./001.mgz
recon-all -subjid $SUBJECT -all
#等待約至少 20 小時, freesurfer 將自動重建 MRI 影像
1.設定環境變數
#依序是：
#freesurfer 的根目錄
#受試者的目錄
#欲分析的受試者目錄
#MNE的根目錄
setenv FREESURFER_HOME /media/D/mne/freesurfer
setenv SUBJECTS_DIR /media/D/mne/subjects
setenv SUBJECT TsengYJ
setenv MNE_ROOT /media/D/mne/mne2.7
2.設定 path
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
source /media/D/mne/mne2.7/bin/mne_setup
3.轉換 dicom 格式，使 freesurfer 可以讀取
cd /media/D/mne/subjects/TsengYJ
mkdir unpack_data
cd unpack_data
# -src 是source的目錄裡面放 dicom 的檔案，
unpacksdcmdir -src $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/dicom -targ . -scanonly ./info
#根據上面敘述，建立一個 unpack.rule 檔案, 內容類似下面的敘述
# 5 3danat COR blah
vi unpack.rule
unpacksdcmdir -src $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/ym -targ . -cfg ./unpack.rule
mkdir mri
mkdir orig
cd orig
mri_convert $SUBJECTS_DIR$SUBJECT/unpack_data/3danat/003/COR-.info ./001.mgz
recon-all -subjid $SUBJECT -all
#等待約至少 20 小時, freesurfer 將自動重建 MRI 影像
[ubuntu] 安裝 tcsh, 並改成預設 shell
安裝tcsh 使用可使用 enhance C shell
$ sudo apt-get install tcsh
$ tcsh
這樣就可以用 tcsh 模式了
如果你希望預設 shell 就是 c shell，可以透過圖形介面的「系統>管理>使用者及群組」設定，把預設的 shell 改成 /bin/tcsh。
$ sudo apt-get install tcsh
$ tcsh
這樣就可以用 tcsh 模式了
如果你希望預設 shell 就是 c shell，可以透過圖形介面的「系統>管理>使用者及群組」設定，把預設的 shell 改成 /bin/tcsh。
2010年5月5日 星期三
[Ubuntu] libtiff.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
libtiff.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
如果你得到上列訊息，表示你可能是使用 libtiff.so.4. 的版本，所以程式找不到
解決辦法：
為了讓系統使用新版的 tiff library，請到 /usr/lib 下增加一個 symbolic link ，使 libtiff.so.3 指向 libtiff.so.4
所以請下以下指令
cd /usr/lib
sudo ln -s libtiff.so.4 libtiff.so.3
參考資料：
http://www.asteriskguru.com/tutorials/libtiff_so_3_cannot_open.html
如果你得到上列訊息，表示你可能是使用 libtiff.so.4. 的版本，所以程式找不到
解決辦法：
為了讓系統使用新版的 tiff library，請到 /usr/lib 下增加一個 symbolic link ，使 libtiff.so.3 指向 libtiff.so.4
所以請下以下指令
cd /usr/lib
sudo ln -s libtiff.so.4 libtiff.so.3
參考資料：
http://www.asteriskguru.com/tutorials/libtiff_so_3_cannot_open.html
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